nexonco-mcp

Name: nexonco-mcp
Availability: InStock
Author: Nexgene Research

nexonco-mcpは、臨床証拠データにアクセスし分析するための高度なMCPサーバーです。このツールは、CIViC（Clinical Interpretation of Variants in Cancer）データベースからの情報を迅速かつ柔軟に検索できる機能を提供し、精密医療や腫瘍学研究をサポートします。Pythonで実装されており、さまざまな病気、治療法、遺伝子変異に基づいた検索が可能です。特に、がん研究におけるデータの解析に役立つツールとして設計されています。

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フォーク

イシュー

インストール方法

難易度

中級

推定所要時間

10-20 分

必要な環境

Python 3.x

uvまたはDocker

+1 more

インストール方法

前提条件

必要なソフトウェアとバージョンを明記してください。

uv または Docker

Claude Desktop（MCP統合用）

インストール手順

1. リポジトリのクローン

bash
git clone https://github.com/Nexgene-Research/nexonco-mcp.git
cd nexonco-mcp

2. 依存関係のインストール

bash
pip install -r requirements.txt

3. Claude Desktop設定

claude_desktop_config.jsonを編集してMCPサーバーを追加：

json
{
  "mcpServers": {
    "nexonco-mcp": {
      "command": "python",
      "args": ["server.py"]
    }
  }
}

4. サーバーの起動

bash
python server.py

トラブルシューティング

よくある問題

問題: サーバーが起動しない 解決策: Pythonのバージョンを確認し、依存関係を再インストールしてください。問題: Claude Desktopで認識されない 解決策: 設定ファイルのパスと構文を確認してください。

設定方法

基本設定

Claude Desktop設定

~/.config/claude-desktop/claude_desktop_config.json（macOS/Linux）または %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json（Windows）を編集：

json
{
  "mcpServers": {
    "nexonco-mcp": {
      "command": "python",
      "args": ["server.py"],
      "env": {
        "API_KEY": "your-api-key"
      }
    }
  }
}

環境変数

必要に応じて以下の環境変数を設定：

bash
export API_KEY="your-api-key"
export DEBUG="true"

詳細設定

セキュリティ設定

APIキーは環境変数または安全な設定ファイルに保存

ファイルアクセス権限の適切な設定

ログレベルの調整

パフォーマンス調整

タイムアウト値の設定

同時実行数の制限

キャッシュ設定

設定例

基本的な設定

json
{
  "mcpServers": {
    "nexonco-mcp": {
      "command": "python",
      "args": ["server.py"],
      "env": {
        "PORT": "3000",
        "LOG_LEVEL": "info"
      }
    }
  }
}

高度な設定

json
{
  "mcpServers": {
    "advanced-mcp": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "server"],
      "cwd": "/path/to/server",
      "env": {
        "PYTHONPATH": "/path/to/modules",
        "CONFIG_FILE": "/path/to/config.json"
      }
    }
  }
}

使用例

基本的な使用方法

MCPサーバーの基本的な使用方法を以下に示します：

Claude Desktopでの使用

1MCPサーバーの起動確認

Claude Desktopを開き、設定が正しく読み込まれていることを確認してください。

2基本コマンドの実行


   Available tools from this MCP server:
   - search_clinical_evidence: A MCP tool for querying clinical evidence data that returns formatted reports.

プログラムでの使用

python
Python例
import requests

def call_mcp_tool(tool_name, params):
    response = requests.post(
        'http://localhost:3000/mcp/call',
        json={
            'tool': tool_name,
            'parameters': params
        }
    )
    return response.json()

使用例
result = call_mcp_tool('search_clinical_evidence', {
    'disease_name': 'Lung Non-small Cell Carcinoma',
    'therapy_name': 'Cetuximab'
})
print(result)

応用例

自動化スクリプト

bash
#!/bin/bash
バッチ処理の例

for file in *.txt; do
  mcp-tool process "$file"
done

API統合

python
Python例
import requests
import json

def call_mcp_tool(tool_name, params):
    response = requests.post(
        'http://localhost:3000/mcp/call',
        json={
            'tool': tool_name,
            'parameters': params
        }
    )
    return response.json()

使用例
result = call_mcp_tool('search_clinical_evidence', {
    'input': 'sample data',
    'options': {'format': 'json'}
})